Как сделать ссылки в pdf-файле, чтобы по ним можно было кликать, и как сделать закладки (bookmarks) с содержанием этого pdf-файла?

Нужно всего лишь дописать в tex-файл следующую строчку:

\usepackage[dvipdfm,unicode,colorlinks]{hyperref}

Замечание: опцию dvipdfm нужно заменить на pdftex, если вы используете pdflatex